Sobre la vila de Ponts, en un turó on hi ha les restes del seu antic castell roquer, s’aixeca l’església romànica de la que fou canònica de Sant Pere de Ponts. La primera referència històrica que en tenim data de l’any 1091, en què els comtes Ermengol IV i Adelaida d’Urgell atorguen a Sant Pere de l’església de la Ràpita, situada prop de Balaguer. Amb tot, no fou fins el 1143 que el comte Ermengol VI li concedí grans donacions perquè s’hi establis un monestir benedictí, que no s’hi arribà a fundar. En el seu lloc s’hi establí una canònica agustina a partir del 1169, quan el senyor del castell, Pere de Puigverd, donà l’església de Sant Pere al bisbe d’Urgell, Arnau de Preixens. la comunitat, que nasqué únicament amb un prior i quatre canonges, hi romangué fins a mitjans segle XIV, època en la qual es traslladà a la nova església de Santa Maria de Ponts. Actualment només se’n conserva l’església, que es degué aixecar a partir de les donacions del 1839, després d’una incursió carlina. El 3 de Juny de 1931, va ser declarat monument històrico-artístic d’interès nacional.

Des de fa 30 anys l’Associació d’Amics de Sant Pere de Ponts hi ha vingut realitzant un seguit de campanyes de restauració.