L’església de Sant Pere és un edifici d’una nau amb capçalera trilobulada, formada per tres absis situats en forma de creu; l’absis central té tres grans fonícules buidades en el gruix del mur. La nau és coberta amb volta de canó sobre dos arcs troncals i un triomfal a l’acabament. Damunt del creuer s’ha reconstruït la torre-cimbori octogonal, de la qual només en restaven pràcticament dues trompes inferiors i un fragment de paret; s’hi han obert dos pisos amb finestres geminades; partides per un mainell central.

La singularitat del conjunt és remarcada també per l’organització exterior dels murs, sobretot de la capçalera. La decoració de tipus llombard es manifesta a les arcuacions cegues que ressegueixen la part superior dels murs. Al absis, les arcuacions apareixen espaiades per lesenes, i contenen una galeria de finestres cegues d’arc rodó. L’església té una entrada al mur septentrional i una altra als peus de la nau. Al costat extern de l’entrada septentrional hi ha obert un arcosoli d’època gótica que conté que conté un sarcòfag sobre dues grans mènsules, amb les armes dels Mur. A l’interior, als peus de la nau, s’hi conserva el sarcòfag esculpit, anomenat de “Gilabertus”, que pertany probablement al s. XII.

Des de fa 30 anys l’Associació d’Amics de Sant Pere de Ponts hi ha vingut realitzant un seguit de campanyes de restauració.